Der Hauptsitz des Vereins ist die Naturschutzstation Malchow. Sie befindet sich am nordöstlichen Stadtrand Berlins im Bezirk Berlin-Lichtenberg. Der alte märkische Bauernhof ist Sitz der Geschäftsführung und des zentralen Managements des Vereins, das die Aufgaben der Umweltbildung, der Landschaftspflege und des landwirtschaftlichen Bereichs koordiniert. Für die theoretische und praktische Wissensvermittlung stehen auf dem Gelände unter anderem ein Aquarium für heimische Süßwasserfische, eine Ausstellungshalle mit Lehr- und Ausstellungsmaterial, eine kleine Lehrküche und ein Erlebnisgarten mit vielfältigen Lebensräumen und Beobachtungsmöglichkeiten zur Verfügung. Drei Außenstellen in den Bezirken Berlin-Lichtenberg und Berlin-Marzahn/Hellersdorf übernehmen die Vereinsaufgabe und garantieren eine gute Erreichbarkeit für die Besucher.